Pada tahun 1987, berdirilah SD Kristen Petra 13, yang diresmikan oleh Bapak Soegondo, selaku Bupati Tingkat II Kabupaten Sidoarjo. Peresmian ini dilaksanakan pada tanggal 13 September 1988, bertepatan dengan nama SD Kristen Petra 13. Pada saat gedung berdiri, ruangan yang digunakan baru 6 ruang, yaitu untuk ruang kelas IA dan B, kelas II, dan kelas III.
Saat pertama berdiri, SD Kristen Petra 13 dipimpin oleh Ibu Lusiana Budihardja, S.Psi., dengan murid yang berjumlah 157 siswa, 6 tenaga pengajar, 1 tenaga TU, 2 pesuruh, dan 6 satpam. Di bawah kepemimpinan Ibu Lusiana Budihardja, beliau telah meluluskan siswa kelas VI pertama pada tahun 1991, sebanyak 28 siswa. Dari tahun ke tahun, jumlah siswa selalu bertambah. Hingga kini yang mencapai lebih dari tujuh ratus siswa (18 kelas dengan 3 pararel di setiap tingkat). Banyak prestasi yang telah diraih di bawah kepemimpinan beliau, baik dalam bidang akademik maupun nonakademik, seperti olahraga dan kesenian. Banyak siswa SD Kristen Petra 13 yang meraih kejuaraan dari tingkat kecamatan sampai tingkat nasional, bahkan di tingkat internasional, yaitu ketika Alfredo meraih Juara III Lomba Lukis yang diadakan di Jepang.
Pada tahun 2001, Ibu Lusiana Budihardja, S.Psi. dialihtugaskan untuk memimpin SD Kristen Petra 5. Dan tampuk kepemimpinan SD Kristen Petra 13 beralih kepada Ibu Noenoeng Soelistiowati, S.Pd. Di bawah kepemimpinan beliau, bidang akademik dan nonakademik tetap dipertahankan keberhasilannya, sedangkan pendidikan nilai lebih ditingkatkan. Untuk mendukung pelaksanaan pendidikan nilai tersebut, sekolah memberikan penghargaan berupa pin kepada anak-anak yang sudah melaksanakannya dengan baik. Mereka mendapatkan secara bergiliran setiap bulan, khususnya di bidang kebersihan, disiplin, dan respek. Pada tahun ajaran 2006/2007, seluruh sekolah PPPK Petra, dari jenjang TK hingga jenjang SMA/SMK, menjalankan pendidikan nilai di bidang (honesty, respect, dan responsibility) secara serentak. Di bidang akademik dan nonakademik, banyak prestasi yang telah diraih oleh guru dan siswa dalam lomba-lomba yang diadakan oleh PPPK Petra, Diknas tingkat kecamatan, kabupaten, bahkan sampai ke tingkat provinsi.
Dengan ide-ide yang dicetuskan oleh Ibu Noenoeng dan sikap ramah yang dimiliki oleh beliau, dari tahun ke tahun lingkungan SD Kristen Petra 13 semakin tampak asri dan indah, dengan laboratorium alam dan penghijauannya yang sangat membantu dan mendukung dalam proses belajar mengajar. Beliau juga dapat bekerja sama dengan orang tua murid untuk turut serta meningkatkan mutu pendidikan secara bersama-sama, demi kemajuan pendidikan anak bangsa.
Periode Kepala Sekolah
- Lusiana Budihardja, S.Psi. (1987—2001)
- Noenoeng Soelistiowati, S.Pd. (2001—…)
